本系根據教育部「發展與改進特殊教育五年計畫綱要」，於民國82年8月奉准成立，以培育具有特殊教育專業知能的教育工作者為主要目標。
民國90年特殊教育暨輔助科技研究所核定成立，成為全國第一所設有特殊教育輔助科技研究所的大學。自九十五學年度為配合學校發展轉型、系所事權的統一及教育資源的充份運用，將特殊教育暨輔助科技研究所整併成為特教系碩士班。
歷任系主任
第12任系主任 曹傑如 114/08/01迄今
第11任系主任 詹秀美 111/08~114/7
第10任系主任 詹秀美 108/02~111/07
第 9任系主任 王欣宜 105/08~108/01
第 8任系主任 詹秀美 102/08~105/07
第 7任系主任 洪榮照 99/08~102/07
第 6任系主任 侯禎塘 96/08~99/07
第 5任系主任 莊素貞 93/08~96/07
第 4任系主任 黃金源 91/08~93/07
第 3任系主任 朱經明 88/08~91/07
第 2任系主任 傅秀媚 85/07~88/07
第 1任系主任 朱經明 82/07~85/07