本系根據教育部「發展與改進特殊教育五年計畫綱要」，於民國82年8月奉准成立，以培育具有特殊教育專業知能的教育工作者為主要目標。
民國90年特殊教育暨輔助科技研究所核定成立，成為全國第一所設有特殊教育輔助科技研究所的大學。自九十五學年度為配合學校發展轉型、系所事權的統一及教育資源的充份運用，將特殊教育暨輔助科技研究所整併成為特教系碩士班。
歷任系主任
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第11任系主任 |
詹秀美 |
111/08 迄今 |
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第10任系主任 |
詹秀美 |
108/02~111/07 |
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第 9任系主任 |
王欣宜 |
105/08~108/01 |
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第 8任系主任 |
詹秀美 | 102/08~105/07 |
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第 7任系主任 |
洪榮照 | 99/08~102/07 |
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第 6任系主任 |
侯禎塘 | 96/08~99/07 |
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第 5任系主任 |
莊素貞 | 93/08~96/07 |
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第 4任系主任 |
黃金源 | 91/08~93/07 |
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第 3任系主任 |
朱經明 | 88/08~91/07 |
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第 2任系主任 |
傅秀媚 | 85/07~88/07 |
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第 1任系主任 |
朱經明 | 82/07~85/07 |